Nasil anlatacigimi ben de tam olarak bilmiyorum, aciklamaya calisacagim.
Flatpak programlarinin her birinin kendi klasorleri vardir ".var/app" klasorunde. Native (Normal olarak yuklenmis) bir program config dosyalarini /home/kullanici/.config/uygulama klasorunde sakliyorsa bu uygulamanin flatpak...