Böyle olmasının sebebi galiba edit mode kısmında sizin vertex select seçeneği açık kalmış. 1 vertexleri seçer, 2 Edge yani kenarları seçer ve 3 kısayolu ise yüzeyleri seçer. Vertex select modu açık kaldığı için onları extrude yapmışsınız. Şu kırmızı ile işaretlediğim butonların üstüne gelin...