Son kullanma tarihi geçmiş, bayatlamış bir tarayıcı kullanıyorsanız, Mercedes kullanmak yerine tosbağaya binmek gibi... Web sitelerini düzgün görüntüleyemiyorsanız eh, bi' zahmet tarayıcınızı güncelleyiniz. Modern Web standartlarını karşılayan bir tarayıcı alternatifine göz atın.
İkisi de betiktir. PHP daha çok server-side iken JavaScript daha çok client-side'dır. Bu yüzden sitenin güzel gözükmesi için JavaScript daha iyi olur.
JavaScript nedir sorunuza cevap vermek için faydalı bir link bırakıyorum...