Meshlerin hepsine ayrı ayrı materyal atayarak birleştirdikten sonra da kullanabilirsiniz. Diğer seçenek olarak texture atlas yaparsınız. UV'leri birlikte açarsınız tek bir UV gibi. Daha sonra materyalleri atlas yaparsınız. Örnek olarak diyelim ki 1024x1024 texture atlasınız var. Buna 512x512 2 farklı texture bake edebilirsiniz. Bir diğer seçenek olarak da color ID eklersiniz. Örnek olarak elimizde bir model var bir kısmı metal bir kısmı plastik olacak. Metal olan kısma mavi, plastik olan kısma kırmızı ID atarsınız. Daha sonra substance painter tarzı bir uygulamada Low poly modelin color ID'sini bake edersiniz. Bu sayede 2 materyali de kullanabilirsiniz aynı mesh üzerinde. Tam olarak ne yapmak istediğinizi anlamadığım için aklıma gelen yöntemleri sıraladım. Daha net bilgiler verirseniz yardımcı olmaya çalışırım.