Böyle olmasının sebebi galiba edit mode kısmında sizin vertex select seçeneği açık kalmış. 1 vertexleri seçer, 2 Edge yani kenarları seçer ve 3 kısayolu ise yüzeyleri seçer. Vertex select modu açık kaldığı için onları extrude yapmışsınız. Şu kırmızı ile işaretlediğim butonların üstüne gelin face, vertex, Edge diye yazar. Hangisini extrude etmek isterseniz ona göre buradan seçim yapacaksınız. 1, 2, 3 kısayolları
birleştirmeyi ise gene aynı şekilde 1, 2, 3 kısayollarından yüzey, kenar veya noktaları seçerek (hangisini birleştirmek istiyorsan artık) F tuşu ile birleştireceksin.