Mdn hiç girme istersen JavaScript'de temel olarak bilgi edindiysen Bootstrap kullanmadan HTML CSS JavaScript ile projeler yapmanı tavsiye ederim projelerini geliştikten sonra da Bootstrap kullanabilirsin şu anda Bootstrap kullanmaya devam edersen CSS unutabilirsin o yüzden diyorum.
Haklısın Flex kolay ama Grid de illaki kullanması gerekecek tabii Bootstrap kullanıcaksa Gride gerek yok Flexbox la devam edebilir.