Arkadaşların da dediği gibi alışkanlık olduğu için. Node.js, kendini tanıtmış ve kabul ettirmiş bir runtime. Alternatifleri tabii ki olacaktır.
Kullanılır mı? Neden olmasın? Birçok özelliği built-in olarak gelmekte. Topluluğu daha yeni yeni oluşmakta olduğu için ileride bir yerde hata aldığında bu hatayı gidermek zor olabilir.
Geleceği var mı? Node.js'nin yerini alacağını sanmıyorum fakat belli bir topluluğa ulaşılmış. Deno çok farklı bir özellik sunarsa insanlar bu özellik için Node.js ile uğraşmaktansa deno kullanır diye tahmin ediyorum.