Deus Ex'in hikayesi genel anlamda şu. Cyberpunk evreninde geçiyor ve insanlar vücutlarına bazı komponentler takmaya başlıyorlar. Buna oyunda augmentations deniyordu sanırsam. Bunlar yüzünden ortaya çıkan bir takım durumlar oluyor. Örneğin, bunlara sahip insanlar diğerlerinden kendini üstün görüyor ve isyancı bir grup ortaya çıkıyor.
Deus Ex Mankind Divided'da ise 3 ana olay var.:
1) Metro patlaması sırasında vücüdumuza yerleştirilmiş augmentations. Bunların nasıl vücüdumuzda olduğunu bulmaya çalışıyoruz.
2) İlluminati.
3) Augmentationlara sahip olduğu için kendini üstün gören insan topluluklarına karşı verilen mücadele.
