İşletim sistemi sonuçta üstelik içinde hack toolları var. İşletim sistemi olmasından dolayı arka plan hizmeti dosyaları, yönetici iznine sahip olan programlara sahip ISO içerisinde. Antivirüs programları bu tarz şeyleri virüs olarak algılar çünkü işletim sisteminin yapısını değiştirebilecek risk görür ancak Kali ISO dosyası, Windows'a bir zarar veremez.