Linux dağıtımları zaten kendileri kurulacakları dizini ext3 veya ext4 olarak formatlar. Bunu seçebilirsin de. NTFS dosya sistemi, Microsoft'a özel bir dosya sistemidir.
Fakat Linux tabanlı bir işletim sistemine NTFS diskleri bağlayıp buradan veri okuma / yazma / silme işlemlerini yapabilirsin.
Dual Boot yapacaksan şimdiden GRUB gibi terimlere göz atmanı öneririm. Sonra sorun yaşamaman adına önemli.