Tümgeneral KARATAŞ; 1996-1999 yılları arasında Atina Hava Ataşesi, 22 Eylül 1999-17 Ağustos 2001 2’nci Hava Kuvveti K.lığı-Diyarbakır Harekat Başkanı, 17 Ağustos 2001-15 Ağustos 2003 tarihleri arasında 6’ncı Ana Jet Üs K.lığı-Bandırma Harekat Komutanı olarak görev yapmıştır. 25 Ağustos 2003 tarihinde atama yeri olan ABD’ne giden Tümgeneral KARATAŞ; 30 Ağustos 2003 tarihinde Tuğgeneralliğe terfi etmiş, 01 Eylül 2003-01 Eylül 2005 tarihleri arasında Washington Silahlı Kuvvetler Ataşesi olarak ikinci kez yurtdışında ülkesini ataşe görevi ile temsil etmiş ve 04 Eylül 2005 tarihinde Türkiye’ye dönmüştür.
10 Eylül 2005-10 Ağustos 2006 2’nci Hava Kuvveti K.lığı-Diyarbakır Kurmay Başkanı, 10 Ağustos 2006-10 Ağustos 2007 8’inci Ana Jet Üs K.lığı-Diyarbakır’da Üs Komutanı olarak görev yapan Tümgeneral KARATAŞ; 30 Ağustos 2007 tarihinde Tümgeneralliğe terfi ederek, 13 Ağustos-10 Eylül 2007 tarihleri arasında kısa bir süre Hava Eğitim K.lığı-İzmir Komutan Yardımcısı olarak görev yapmıştır. 10 Eylül 2007-13 Ağustos 2010 tarihleri arasında Milli Savunma Bakanlığı-Ankara’da Müsteşar Teknoloji ve Koordinasyon Yardımcısı (Milli Silahlanma Direktörü) olarak görev yapan Tümg.KARATAŞ,16 Ağustos 2010 tarihinde 2’nci Hava Kuvveti K.lığı-Diyarbakır’a Komutan Yardımcısı olarak atanmış ve 03 Ağustos 2012 Askeri Şura Kararları ile 30 Ağustos 2012 tarihinde bu görevinden emekli olmuştur.
03 Ekim 2011 tarihinde kamuoyunda “Balyoz” olarak bilinen davada tutuklanan ve 33 ay tutuklu kalan Tümg.KARATAŞ, 18 Haziran 2014 AYM’nin Hak İhlali Kararı sonrası 19 Haziran 2014 tarihinde tahliye olmuş, daha sonra yeniden görülen davada beraat etmiştir.
