Okuma ve yazma hızları o an aktif olarak işlenen verinin hızını, IOPS değeri de anlık olarak işlenebilen işlem miktarının ölçüm değeridir. Mantık olarak işlem hızının yavaşlaması, anlık olarak işlenecek işlem miktarını da doğal olarak etkileyecektir.
Anakartın desteklediği teknoloji sınırlı olduğu için alacağınız portun SATAIII destekli bir anakartın performansına ulaşacağını sanmıyorum. Fiziksel olarak işlenecek veri portun içinde hangi hızda işlenirse işlensin, çıktısı anakarta ulaşacağı için aşağı yukarı aynı sonuca ulaşacaksınız.
Elde ettiğiniz performans işinizi etkileyen seviyedeyse anakartınızı değiştirmenizi öneriyorum.