C klasöründeki her şeyi SSD'ye atarsan sistem çalışacaktır diye tahmin ediyorum ama ne kadar stabil çalışır bilmiyorum. Fakat E klasörü diskin bölümlenmesinden kaynaklı oluşan bir klasör yani E klasörü de sahip olduğun 1 TB HDD içerisinde. HDD'yi çıkardığında bilgisayarında bulunan her şey gitmiş olur.
Sana tavsiyem SSD üzerine temiz bir Windows kurulumu yapman. HDD'yi istersen birleştirmen istersen de bu şekilde kullanmaya devam etmen.
Not: HDD içinde bulunan Windows'u silmelisin yani C klasörünü biçimlendirmelisin.