Qubes OS güvenlik adına sanallaştırılmış ortamlarda sistemi çalıştırır. Bunun için bilgisayarınızın tam sanallaştırma desteğine sahip olması lazım. BIOS üzerinde Intel için VT-x ve VT-d(IOMMU denilen ayar intel için VT-d olarak isimlendirilir,) AMD için AMD Virtualization Technology ve AMD IOMMU açılmalıdır.
Bunun haricinde IOMMU gibi özellikler VirtualBox'a yeni eklenmiştir. IOMMU gibi gelişmiş sanallaştırma özellikleri için en son sürüm olan 7.0 sürümünü kullanmanız gerekir. Önceki sürümlerde bulunmamaktadır.