Bakın şimdi. Ana bir dosyanız olsun. Adı Source.cpp olsun. Sonra diyelim proje 1'iniz var. Normalde yaptığınız gibi proje1.cpp deyip dosyayı oluşturun. Sonra içine main yerine proje1 veya o projenin içeriği ile alakalı, örneğin (asalbul) isimli bir fonkisyon oluşturun. Onun içine #include <iostream>
deyin veya gerektiğinde diğer kütüphaneleri ekleyin. Sonra da Source.cpp dosyasına gelip #include "proje1.cpp"
deyin. Main içinde de asalBul();
şeklinde çağırırsınız.
Bu şekilde daha rahat olur diye düşünüyorum. Veya şu an yaptığınız gibi yapın ama kullanmadığınız dosyalardaki Main'leri yoruma alın.