Hangi işletim sistemini kuracaksınız? Aynı disk de olsa farklı bir partition oluşacağı için sorun olmayacaktır. Fakat bence farklı bir diske kurmanız daha avantajlı olur.
Linux'ta genelde driver uyumsuzluk problemi ciddi bir sıkıntı olmadığı için depolama birimini söküp istediğin bilgisayara takar, kullanırsın.