WSA'nın iki farklı çalışma ayarı var. Birincisi manuel ayar ve siz bir Android uygulamasını açmak istediğinizde WSA çalışmaya başlar. İkincisi ise her zaman açık kalmasını sağlayan bir ayar. Bilgisayarı başlattığınızda arkaplanda açık gelir. Bu ayar açık olduğunda manuel ayara kıyasla bekleme yapmadan Android uygulamaları direkt açılır. Eğer WSA'yı her zaman çalışacak şekilde ayarlamadıysanız kullanmadığınız zaman ram tüketmez. Ayrıca Android uygulamalarını kullandıktan sonra kapattığınızda WSA'da bir süre sonra otomatik kapanır.