Başlangıç
Geralt hafızasını kaybetmiş bir halde uyanıyor. Aynı Witcher okulundan olan dostları onu karargahları Kaer Morhen'e getiriyor. Azar Javed ve Profesör liderliğindeki "Semenderler" denilen bir haydut örgütü kaleye saldırıyor ve Witcher'ları genetik olarak etkileyen ve geliştiren mutajenleri ve formülleri çalıyorlar.
Birinci Bölüm
Geralt ve "sevgilisi" Triss Merigold, Semenderler hakkında bilgi edinmek için Kral Foltest yönetimindeki Temeria'nın başkenti Vizima'ya doğru yola çıkıyorlar. Vizima'nın dışındaki bir köyde Geralt büyüye doğuştan yeteneği olan ve "Source" (Kaynak) diye tabir edilen, dünyanın yok olduğu bir kehanetten bahseden Alvin isimli bir çocukla karşılaşıyor. Ayrıca Scoia'tael (gerilla Elf ve Cüceler) ve Order of the Flaming Rose (Yanan Gül Tarikatı) arasında yaşanan çatışmadan haberi oluyor.
İkinci Bölüm
Vizima'ya girdikten sonra Semenderler'in izini sürmeye devam eden ve sonunda Azar Javed ve Profesör ile karşılaşan Geralt, aralarında çıkan çatışmada ucuz bir şekilde yeniliyor ve kaçmayı başarıyorlar.
Üçüncü Bölüm
Geralt, Foltest'in kızı Prenses Adda'yla tanışıyor. Adda küçük bir çocukken onu bir yaratığa ("Striga") dönüştüren lanetten kurtardığını hatırlıyor. Adda'nın Semenderler'le iş birliği yaptığını öğreniyor. Azar Javed ve Profesör ile bir daha karşılaşıyor ve bu sefer Profesör'ü öldürmeyi başarıyor. Profesör'le olan bu çatışmasından sonra Adda, sırrının ortaya çıkmaması için Geralt'ı tutuklatmaya çalışıyor ama Triss tarafından kurtarılıyor ve bir Göl Kenarı'na ışınlanıyor.
Dördüncü Bölüm
Geralt, Alvin'le yeniden karşılaşıyor ve bir süreliğine onunla ilgileniyor, Alvin'e kontrol edemediği büyü güçlerini kontrol altına alacak bir tılsım veriyor. Yanan Gül Tarikatı ve Scoia'tael arasındaki çatışma Göl Kenarı'na kadar geliyor. Alvin bu çatışma sırasında korkuyor ve kendini ışınlıyor, kayboluyor.
Beşinci Bölüm
Tarikat ve Scoia'tael arasında bir sivil savaş çıkıyor ve Eski Vizima'ya kadar geliyor. İnsan olmayanlar gördükleri baskılara karşılık olarak Scoia'tael tarafını tutuyorlar. Kral Foltest, Geralt'a Adda'nın lanetinin geri döndüğünü söylüyor ve yardım etmesini istiyor. Adda'yı öldürerek ya da laneti ikinci bir defa bozarak meseleyi hallettikten sonra, Foltest Azar Javed'i bulmasında Geralt'a yardımcı oluyor. Azar'ı sonunda öldürüyorsunuz, ama Tarikat'ın lideri Jacques de Aldersberg'in Semenderler'le iş birliği yaptığını öğreniyorsunuz.
Kapanış
Geralt, Jacques ile olan savaşı sırasında Jacques tarafından Alvin'in kehanetini ettiği, dünyanın donarak, buzullar içinde sonunun geldiği geleceğe ışınlanıyor. Geralt, Jacques'in çalınan mutajen ve formülleri kullanarak insanlığı bu gelecekten koruyacak bir insan-üstü ırk oluşturmayı amaçladığını öğreniyor. Jacques'i öldürdükten sonra, üzerinde Alvin'e verdiğiniz tılsımı yıpranmış bir şekilde buluyorsunuz, bu da Alvin ve Jacques'in aynı kişiler olduğunu, Alvin korkup kendini ışınladığında zamanda geri dönerek Jacques de Aldersberg olarak büyüdüğünü öğreniyorsunuz.
Son Ara Sahne
Geralt, Foltest'i bir suikastten kurtarıyor ve suikastçinin, gözlerinden ve madalyonundan kendisi gibi (ama farklı Okul'dan) bir Witcher olduğunu görüyor.
İkinci oyun buradan devam ediyor.