Reaper adlı makine ırkı gezegenleri işgal ediyor ve oranın sakinlerini öldürüyor, reaperlar birer makine ve onlarında bir yaratıcısı var. Milyarlarca yıl önce, evrenin en güçlü ırkı (Leviathanlar), yanlarında çalışan diğer zayıf ırkların sürekli kendi robotlarını yapıp sonra o robotlar tarafından öldürüldüğünü fark etti. "Bu böyle gitmez, organik canlılar (insanlar, uzaylılar vb.) her seferinde kendi sonlarını hazırlıyor" dediler. Leviathanlar bu sorunu çözmesi, yani "organik yaşamın sentetikler tarafından yok edilmesini engellemesi" için bir yapay zeka tasarladılar. Bu yapay zekaya The Catalyst denir. Yapay zeka, kendisine verilen görevi mantıksal bir uç noktaya taşıdı. Organik yaşamın sentetikler tarafından tamamen yok edilmesini önlemenin tek yolunun, onları "hasat etmek" ve genetik bilgilerini ölümsüz makine formlarında korumak olduğuna karar verdi. Yapay zeka, önce kendi yaratıcıları olan Leviathanlara saldırdı. Onları katledip genetik materyallerini kullanarak tarihteki ilk Reaper olan Harbinger'ı inşa etti. "Korumacı ebeveyn" kafasının sapıklığa dönüşmüş hali. Mantık şu: "Siz birbirinizi tamamen yok etmeden, ben sizi paketleyip saklayayım." Shepard'ın (biz) ilk büyük görevi, bu devasa tehdidin kapıda olduğunu kanıtlamak ve galaksideki tüm ırkları (İnsanlar, Turianlar, Salarianlar, Kroganlar vb.) bir araya getirmek. Reaperlar insanları kaçırıp onlardan korkunç yaratıklar (Husklar gibi) yapmaya çalışıyor. Sen bu istilayı durdurup, galaksideki her canlının "hasat edilip" birer robot gemiye dönüşmesini engellemeye çalışıyoruz.
