Obje modu yerine unutup edit modda shift d yapmışsınız. Ayırmak için edit modda p ye basın ardından By loose parts.
Shift d hem obje modunda hem edit modda çalışır aynı şeyi yapıyormuş gibi görünmesi sizi yanıltmıştır oysa obje modunda objeyi duplicate eder fakat edit modda seçili vertexleri.