Katılıyorum. Chmod komutunu ancak sunucularda ve kalıcı izin gerektiği durumlarda kullanıyorum. Ki o da okuma, yazma ve çalıştırma yetkilerini aynı anda vermek için değil, dosya veya dizini hangi işlem için kullanılacaksa duruma göre okuma-çalıştırma veya sadece çalıştırma izni veriyorum, log tutulacak dizinler için ise sadece yazma izni. Yani sunucu taraflı uygulamaların ihtiyacı olduğu kadar veya web site sunucusu ise web site yazılımının veya eklentilerinin çalışabileceği kadar izin yeterli.
Kişisel kullanımda ise ve bu gibi sistem dosyaları için chmod gereksiz. Terminal üzerinden 1 komutla işini halledebiliyorken sırf Windows'ta olduğu gibi görsel olarak dosyayı görüp düzenleyebilmek için neden okuma, yazma ve çalıştırma izni veresin ki?
Ayrıca chmod izinleri tekrar yapılandırılmadığı sürece kalıcıdır.