İkisi aslında pek karşılaştırlamaz burada kullanıcının ne aradığı önemli. Çünkü birisi Anti-Virüs diğeri Anti-Malware. Kaspersky gerçek zamanlı koruma tarafında daha güçlü ve etkiliyken, Malwarebytes tarama yapma ve özellikle reklam virüsleri konusunda daha başarılı. Yani sizin amacınız hali hazırda kullandığınız bilgisayarı virüslerden korunmak ise Kaspersky kullanmalısınız. Bilgisayarınıza etkin bir anti-virüs yoksa ve bilgisayarınıza virüs girdiğini düşünüyorsanız, Malwarebytes öneririm. Ancak bu iki program birbiri ile uyumlu çalıştığı için, virüs girmesi durumunda ikisini de aynı anda kullanarak daha olumlu sonuç alınabilir.