Prototype 2'nin iyi yaptığı tek yanı combat sistemiydi daha hızlı ve daha etkiliydi fakat onun haricinde her şey çok kötüydü oynanış bile: Karakterin yavaş koşması, daha az zıplaması ki 1'de ZIP'lar zıplamaz dash atarsan gökdelen hızalarına geliyordun, havadaykende yavaş hareket etmesi, yavaş tırmanması vb. Bir de oyun çok kolaydı hiç canım bittiğini hatırlamıyorum ama 1 en zorda oynadın mı harbi zordu.