Biraz uğraşlar sonucu .application uzantılı dosyaların simgelerinin değiştirilmediğini öğrendim.
Projenin klasöründen .exe dosya uzantısı ile çıktısını aldım logosunu Visual Studio'dan değiştirdim.
Konuda yardımcı olanlar için teşekkürler maalesef belirttiğim gibi .application uzantılı dosyalarda simge olmuyor.