Defender'in normalde de otomatik tarama yaptığını görmedim, durduk yere işletim sistemi dosyalarını silmiş oldunuz.
Zamanlanmış taramayı aktif etmek için powershell'den Set-MpPreference -ScanScheduleDay [0-8] komutunu kullanmanız gerekiyor.
The Set-MpPreference cmdlet configures preferences for Windows Defender scans and updates.
docs.microsoft.com