UNIX ve BSD sistemler de GNU/Linux´ta olduğu gibi güvenli kabul edilir. Yapısal olarak birbirlerine benzerler zaten.
Windows işletim sistemlerinin autorun özellikleri vardır. Uygulama ve programların daha kolay yüklenebilmelerini kolaylaştırır ancak zararlı yazılımların da daha kolay ve hızlı bulaşabilmelerine olanak tanır.
Diğer işletim sisteminden kastım Android Linux temelli sistemler aslında. Bu sistemler Linux temelli olmasına rağmen yapısal olarak son kullanıcılara hitap etmesi açısından Windows gibi kullanım kolaylıkları gibi kaygılar düşünülerek uygulama/program kurabilme yöntemleri basit tutulmuştur. Bu da beraberinde güvenlik zaafiyetlerini beraberinde getirmiştir.
Örneğin yakın geçmişte finspy ya da pegasus gibi casus yazılımlar Android Linux cihazlara sahte SMS/e-mail mesajları ile ya da bir butona yanlışlıkla tıklayarak bile kurulabiliyordu. Android linux´un aksine pc´lerde kullandığımız GNU/Linux dağıtımlarında tek bir tıklamayla zararlı yazılımın bulaşması senaryosu pek muhtemel değil. Çünkü yetkilendirme kuralları android´e göre daha sıkı.
Haberlerde bazen duymuşsundur; “milyonlarca site tehlikede, wordpress´te kritik bir açık bulundu” vs. gibi haberleri. İşte bu haberlerde bahsedilen açıkların çoğunun aslında yazılımın çalıştırıldığı işletim sistemiyle bir ilgisi yok. WordPress PHP dilinde yazılmış çapraz-platform bir içerik yönetim sistemidir. Dolayısıyla bu yazılımda bulunan herhangi bir açık, ister Linux çalıştırsın, ister Windows server çalıştırsın her sunucuda kullanılabilir. Yani üzerinde çalışan işletim sistemine özgü bir güvenlik zafiyeti değil.
Benzer şekilde MySQL veri tabanı yazılımında bir açık bulundu diyelim. X sorgusunu gönderince normal veritabanında gizli olması gereken bir veriye erişmek mümkün olsun. MySQL yazılımı Windows'ya da Linux fark etmeksizin her sisteme kurulabileceği için bu açık da her işletim sisteminde geçerli olur.
Exploitler de bugün en çok PHP, JavaScript, Python, Ruby, perl gibi yorumlanan betik dillerinde yazılıyorlar. Bütün bu yazılımlar her sisteme kurulabileceği için GNU/Linux sistemlere özgü değildirler.
GNU/Linux çalıştıran sunuculara virüs gibi zararlı yazılımların bulaşması bambaşka bir hikaye. Böyle bir ihtimalin gerçekleşmesi çok ama çok daha düşük bir olasılık.