Source code ile compile edilmiş dediğin şey zaten binary? Anlamıyorum niye zorluyorsun hala.
Arch veya Gentoo, Fedora'dan repo açısından daha güvenli. Sebebi ise paketler bir "tarball" olarak değil "pkgbuild" veya "ebuild" olarak geliyor... Fedora repolarında sadece binary var, bu tamamen sizin repoya olan güveninize kalmış bir olay.
Fedora'nın systemd ve glibc hariç bir seçeneği olmamasından dolayı atak yüzeyi oldukça geniş. Fakat
@433815'nun dediği gibi Musl Gentoo Hardened ile hem OpenRC (veya istediğiniz herhangi bir init) hem de musl kullanabilirsiniz.
Fedora bu esnekliğe sahip değil. Qubes'in sadece Fedora kullanmadığını bilmiyorsunuz sanırım... Dom0'da kullanıyor olması Qubes'in tamamen Fedora'yı benimsemiş olmasını belirtmiyor.