Siz direkt ISO dosyasını SSD'ye yazdırıyorsunuz. Bu da normal şartlarda Ubuntu açıldığında size yaklaşık olarak 4 GB salt-okunur bir alan verecektir ve sistemi her kapattığınızda yaptığınız değişiklikler gidecektir.
USB'ye Ubuntu ISO dosyasını yazdırıp, kurulum aşamasında disk olarak harici SSD'nizi seçerseniz normal bir kurulum yapmış olacaksınız ve tıpkı Windows kurulumu yapmış gibi Ubuntu sistemi SSD'nize kurulmuş olacak. Bundan sonra Ubuntu üzerinde yaptığınız değişiklikleri kaybetmeyeceksiniz ve diski de istediğiniz gibi kullanabileceksiniz.
ISO dosyaları salt-okunur dosyalardır. İçeriğini görüntüleyebilirsiniz ama değiştiremezsiniz. Bu yüzden o şekilde kullanmanızı önermiyorum.