Hayır, ben de JB'yi kaldırmadan önce yedeğimi aldım, ondan sonra iTunes üzerinden telefonumu restore ettim, ardından yedeği tekrar kurdum. Cydia vb. JB uygulamaları hariç her şey geri geldi.
Tabii burada önemli bir not var, yedekleme yaptıktan sonra önce 9.3.5'e geçmen gerekli, çünkü iOS 9'da aldığın yedek iOS 10'da çalışmayacaktır. Bu yüzden önce 9.3.5'e telefonunu sıfırla, ardından yedeğini kur, ardından "güncelleyerek" iOS 10'a geç. Yani 9.3.3'ten direkt olarak iOS 10'a geçmeni tavsiye etmiyorum.