Manjaro üzerinden GRUB onarımı yapın. Manjaro'nun GRUB ilk sırada olsun BIOS ayarlarında.
Manjaro'yu açtığınızda GRUB güncellemesi yaparak Qubes OS bulunuyor mu kontrol edin.
Windows UEFI dosyaları nasıl kurulur bilmiyorum.
Qubes OS MBR olarak kurulduğu için, UEFI GRUB kurulumu yapılamıyor olabilir, araştırmadım.