Merhaba,
Aynı bellekte olmasında bir sakınca yok FAT32 olduğu sürece anakartınız bios ekranında, bios güncelleme ekranında sıkıntısız görecektir. Yalnız dikkat etmeniz gereken bir husus var bazı anakart modelleri usb bellekte bios görünce durmadan bios update yapmak istiyor

başıma geldi oradan biliyorum. Böyle bir sorun ile karşılaşırsanız, USB içerisindeki bios güncellemesini silmeniz gerekebilir ki Windows kurulumu başlayabilsin.
1. Rufus ile Uefi MBR / Fat32 olarak iso'yu belleğe atın.
2. Bios güncellemesini direkt olarak belleğin içine kopyalayın, klasör içerisinde filan olmasın (MSI klasör içerisindeki bios güncellemelerini sevmiyor)
3. Bilgisayar açılırken END , veya başka tuşlar direkt olarak bios güncelleme ekranını açabilir, veya F2 ile bios içerisine girip TOOLS menüsünden bios güncellemesi yapabilirsiniz.
4. Bilgisayarınızdan USB belleği çıkarmayın, bazı anakart modelleri iki "2" kez yeniden başlatma yapmak istiyor bios tam olarak güncellenene kadar. Üç veya daha fazla bios güncellemesi oluyorsa elektriği kesip USB bellek içerisinden bios güncelleme dosyasını silin.
5. F2 ile bios'a girip "Set Performance / Default Values" diyerek biosu sıfırlayın bundan sonra varsa özel ayarlarınızı yapabilirsiniz.
6. Windows kurulumuna devam.