Başlangıç - Temeria
Oyun, Geralt'ın Kral Foltest'i öldürdüğü suçlamasıyla atıldığı bir Temeria hapishanesinde başlıyor. Vernon Roche, Temeria özel kuvvetleri Mavi Şeritliler'in lideri tarafından yapılan sorgusunda Geralt, Foltest'in Scoia'tael yardımıyla kaçan bir witcher tarafından öldürüldüğünü anlatıyor. Roche, Geralt'a inanıyor, ve Triss Merigold ile birlikte bir nehir şehri olan Flotsam'a kaçmanıza yardım ediyor.
1. Bölüm - Flotsam
Flotsam sahiline vardıklarında Geralt, Roche ve Triss, Iorveth'in liderlik ettiği Scoia'tael tarafından saldırıya uğruyor, ama saldırıdan kurtulmayı başarıyorlar. Flotsam'a vardıktan sonra kasabanın ticaret yollarını sıkıntıya sokan dev bir yaratığı öldürmeyi kabul ediyor. Sile de Tanserville'nin yardımıyla birlikte yaratığı öldürüyor. Foltest'in katili Letho'nun Scoia'tael'e ihanet ettiğini, ve Triss'i kaçırdığını öğreniyor. Bu noktada Iorveth ya da Roche'un tarafını tutmanız gerekiyor, ve seçtiğiniz kişiye göre ikinci bölümün hikayesi bazı farklılıklar gösteriyor.
2. Bölüm - (Iorveth Tarafı) - Vergen
Kaedwen Kralı Henselt ve ona karşı gelen asiler arasında bir muharebe yaşanıyor, ve savaş alanına bir lanet yayılıyor. Philippa Eilhart'ın yardımıyla asiler Vergen şehrine kaçmayı başarıyor. Philippa, Geralt'a Triss'in Henselt'in tarafını tutan Nilfgaard Krallığı'na mensup kişiler tarafından kaçırıldığını söylüyor. Geralt, Nilfgaard kampına sızmaya çalışıyor, ama yakalanıyor. Roche, Geralt'ı kamptan (ve ikinci kez idamdan) kurtarıyor, ama Nilfgaard büyükelçisi Triss ile kaçmayı başarıyor. Geralt savaş alanına yayılmış laneti bozuyor. Henselt ordusu ile birlikte Vergen'e saldırıyor, ama Scoia'tael, Geralt ve aslında insan formunda bir ejder olan Saskia'in yardımıyla kuşatmayı kazanıyorlar. (Bu olaylar sırasında Saskia, Philippa'nın yaptığı bir zihin kontrolü büyüsü altında.) Daha sonra kraliyet liderlerinin toplanacağı Loc Muinne'e doğru yola çıkıyorlar.
3. Bölüm - (Iorveth Tarafı) - Loc Muinne
Geralt ve Iorveth, Philippa'yı esir düşmüş halde buluyorlar. Bu noktada ya Triss'i kurtarabilir ya da Philippa'nın kaçmasına yardım ederek Saskia'nın üzerindeki zihin kontrolünü kaldırcak hançeri alabilirsiniz. Kraliyet liderlerinin toplantısında Sile, Philippa ve diğer büyücülerin, Büyücüler Meclisi'ni yeniden kurmak için Saskia'ya zihin kontrolü büyüsü yaptıkları, ve kralları öldürüp, krallıkları zayıflatmaları için Letho gibi suikastçiler tuttukları ortaya çıkıyor. Letho Sile'ye ihanet edip, Geralt Sile'nin yerini bulduktan sonra (öldürüp öldürmemek size kalmış) ejderha formundaki Saskia saldırıyor. Savaştan sonra ya ejderhayı öldürüyorsunuz, ya da Philippa'nın verdiği hançeri kullanarak Saskia'nın üzerindeki zihin kontrolünü bozuyorsunuz. (Roche tarafında ejderhanın Saskia olduğunu hiçbir şekilde öğrenemiyorsunuz.)
2. Bölüm - (Roche Tarafı) - Kaedwen Kampı
Henselt ile asiler arasında bir muharebe yaşanıyor, ve savaş meydanına bir lanet yayılıyor. Kaedwen kampına kaçmayı başarıyor, ve bölüm boyunca kamptakilerin Henselt'in Nilfgaard ile olan ittifakı yüzünden ona karşı komplo kurduğunu öğreniyorsunuz. Geralt, Triss'in Nilfgaard'ın elinde olduğunu öğreniyor, ama Nilfgaardlılar kaçıyorlar. Geralt savaş meydanındaki laneti bozuyor, ve lanetin, Henselt'in kazıkta yaktığı bir büyücü tarafından yapıldığını öğreniyor. Geralt, daha sonra Henselt'i iki witcher suikastçiden koruyor, ve Sile ile Philippa'nın suikastçilere yardım ettiğini öğreniyor. Roche'un Henselt'in Nilfgaard ile iş birliği yaptığı söylentilerini yayan kişi olması sebebiyle, Henselt Mavi Şeritliler'e saldırıyor. Henselt, Vergen'deki asileri de yendikten sonra köşeye sıkışıyor, ve Roche'un Henselt'i öldürmesine izin vermek ya da onu bağışlamasına izin vermek size bırakılıyor. Sile, Philippa ve Letho'yu bulmak için Geralt, Roche ile birlikte Loc Muinne'e doğru yola çıkıyor.
3. Bölüm - (Roche Tarafı) - Loc Muinne
Geralt ve Roche, Kral Foltest'in çocuklarının kaçırıldığını, ve hatta birinin öldürüldüğünü öğreniyor. Ya Triss'i, ya da Anais'i, Foltest'in kızını kurtarıyorsunuz. Daha sonra Anais ya Temeria'ya dönüyor, ya da korunması için Redenia kralı Radovid'e veriliyor. Letho'nun Sile'ye ihanet ettiğini öğrenip, Sile'nin yerini bulduktan sonra ejderha size saldırıyor, ve savaş sonunda ya öldürebiliyor, ya da onu yaralı halde bırakabiliyorsunuz.
Kapanış - Eğer Triss'i kurtardıysanız, Büyücüler Meclisi yeniden kuruluyor. Eğer kurtarmadıysanız, Letho suikastleri sahirelerin yaptırdığını söylüyor, bu da kıta genelinde bir cadı avına sebep oluyor. Letho yine de Triss'i kurtarıyor. Letho ayrıca Geralt'a bir zamanlar arkadaş olduklarını söylüyor. Bu noktaya kadar bütün yaşananların ise, Temeria işgaline hazırlık olarak suikastler yoluyla ülkeyi zayıflatmak isteyen Nilfgaard İmparatoru tarafından yaptırıldığını, ve kendisinin de Engerek Okulu'nun yeniden açılması koşuluyla İmparator'un teklifini kabul ettiğini söylüyor. Geralt kaybettiği hafızasının geri kazanıyor, kendisi ve asıl aşkı, Yennefer'in, evlatlık kızları olan Ciri'yi kurtarmayı çalışırken neredeyse öldüklerini; hayalet süvariler olan Vahşi Av'ın onlara yetişip Yennefer'i kaçırdıklarını, kendisinin de Letho ile birlikte peşlerine düştüklerini hatırlıyor. Geralt, Yennefer'ı bırakmaları karşılığında Vahşi Av süvarilerine katılıyor, ve Yennefer ile Letho ilgilenmeye başlıyor. Geralt daha sonra Vahşi Av'dan kaçmayı başarıyor, ama bu sırada hafızasını kaybediyor. Letho, Geralt'a Yennefer'in Nilfgaard'da tutulduğunu söylüyor.
Kapanış Ara Sahnesi - Nilfgaard Temeria'yı işgal etmeye başlıyor.