Güvenlik tarafında ne olduğuna bağlı bu durum. Eğer sorununuz Windows'taki gibi virüsler ise onlar masaüstü kullanıcıyı hedef almıyor ve güvenli depolaradan indirdiğimiz için bir sorun çıkmıyor. Yani Windows'taki gibi virüs derdiniz olmasın.
Ek olarak VPN'i her sitede kullanmanıza zaten gerek yok. Normal kullanımda da güvenli olabilirsiniz. VPN kullanmak gizliliği etkiler, güvenliği değil.
Söylediğinizi gibi depolardan indiriyorsunuz. Eğer Arch kullansaydınız bir şey söylerdik ancak Linux Mint kullanıyorsunuz. İndirdiğiniz depolardaki her uygulama bir geliştirici ve bakımcının elinden geçiyor. Onların elinden çıkınca genele sunuluyor. Yani güvenlidir.
Başlıktaki sorunuza gelirsek; Linux'ta güvenlik için pek bir şey yapmamıza gerek yoktur. Eğer bir gün pazar payı yükselir, virüs yazanlar masaüstünü de hedef alırsa belirli önlemler alınabilir ancak şu anda gerek olduğunu düşünmüyorum.
Unutmadan ekleyeyim ek depoları eklerseniz onlar Ubuntu tarafından bakımdan geçmiyor. Güvenlik riski var. Ancak bu demek olmuyor ki güvensiz. Onlar da bir çok bakımcının elinden geçiyor ancak Ubuntu depolarının resmi depoları değiller.