Süper Bilgisayarda Linux kullanılması, Linux iyi olduğu için değil, özelleştirilebilir ve kodu açık olduğu için kullanılıyor. Linux, Windows NT'den aşağı bir çekirdek. Amaca uygun olan yerde (Sunucu beleş lisans, customize edilebilmesi için süper bilgisayarlarda) kullanılır.